生物制藥凈化車間設有安全的空氣凈化系統(tǒng)，保證物料儲藏室的無菌環(huán)境，能滿足生物制藥對高無菌環(huán)境的要求。

采用高效低毒的消毒劑，合理使用，是保證生物制藥潔凈車間無菌環(huán)境的有效措施。一般生物制藥潔凈車間采用末端過濾器不低于中高效過濾器的空調(diào)系統(tǒng)或新風通風系統(tǒng)。室內(nèi)保持正壓，通風量不小于6次/h。

生物制藥潔凈車間的墻壁和天花板采用隔音、堅固、光滑、無縫隙、防火、防潮、易清潔的材料。顏色應該是淺藍色和淺綠色。拐角是圓的，以防積灰。觀片燈、藥柜、控制臺應設在墻上。車門應寬大，無門檻，便于進出平車，應避免使用彈簧門，以防止氣流使灰塵和細菌飛揚。窗戶應為雙層，最好采用鋁合金窗框，有利于防塵。窗戶玻璃應該是棕褐色的。走廊寬度不小于2.5m，以便于平車作業(yè)，避免人與人之間的碰撞。地板應由堅硬、光滑和可清洗的材料制成。地面略傾斜一角，下部設地漏，方便污水排放。為了防止污染空氣進入房間或被異物堵塞，排水孔被覆蓋。

生物制藥潔凈車間空氣凈化系統(tǒng)在室內(nèi)墻面、凈化單元、吊頂、走廊、新風機、排風機四角設置不同級別的過濾器，定期清洗、維修、更換，嚴格保證室內(nèi)空氣的無菌性；此外，除了日常的保潔工作外，層流衛(wèi)生管理一點也不能放松。對室內(nèi)清潔工作也有特殊要求。所有內(nèi)角均為弧形結構設計， 另外，室內(nèi)消毒無需采用物理或化學方法，既省力又防止外來污染進入。

生物制藥潔凈車間不僅需要高度潔凈的空氣，而且需要對氣流方向的控制。生物制藥潔凈車間形成正壓環(huán)境，使空氣從潔凈度高的工作區(qū)流向潔凈度低的工作區(qū)。一個小的、稀薄的氣流以均勻的流速被輸送到同一個方向，氣流中的灰塵顆粒和細菌被帶走并排出。目前，生物制藥潔凈車間分為垂直層流和水平層流。立式層流式高效過濾器安裝在制藥機床正上方，氣流垂直吹入，在墻壁四角設置回風口，保證制藥機床的清潔度達標。一般采用垂直層流方式，效果較好。采用的是垂直層流式。在制藥廠的頂部還設置了懸掛塔式負壓吸引系統(tǒng)，將工作人員呼出的空氣吸出塔外，進一步保證生物制藥潔凈廠的清潔和無菌。

潔凈車間與生物制藥消毒柜之間設圍墻，進出口設單通道。待消毒物品從車間直接通過“輸出”通道轉移到消毒柜，消毒后再通過“輸入”通道轉移到車間，避免了消毒物品在轉移過程中的二次污染。